これは「突沸（とっぷつ）」という現象です。
味噌や具が沈殿して鍋底の水を閉じ込めてしまい、その中の水が爆発的に沸騰するために起こる現象です。
味噌汁を温めるときには、時々、鍋の底をかき回してください。